تلتزم كلية الطب بتحقيق مكانة رفيعة وقيادية على المستويين المحلى والعالمي في حقول التدريب والتعليم الطبي والأبحاث الطبية وتقديم الخدمات الطبية مع التركيز على تلبية احتياجات المجتمع الفلسطيني , وتنطلق رسالة كلية الطب من رسالة الجامعة الإسلامية التي تسعى للنهوض بالمستوى العلمي والثقافي والحضاري والعمل على مواكبة التطور التكنولوجي والاتجاهات الحديثة في التعليم العالي وتشجيع البحث العلمي وتساهم في خدمة المجتمع وبنائه في إطار من القيم والتعاليم الإسلامية.